El principal objetivo de la microbiología clínica es identificar el agente etiológico de una infección y determinar la susceptibilidad a determinados antimicrobianos. Para obtener los mejores resultados clínicos, es necesario tener asociaciones sólidas entre el médico tratante y el especialista técnico de laboratorio, fomentando una comunicación abierta.

El ciclo diagnóstico de una enfermedad infecciosa inicia con una etapa pre-analítica, en la cual el médico tratante realiza un diagnóstico presuntivo y solicita la recolección de una muestra para realizar un diagnóstico microbiológico. Esta etapa es crítica para obtener resultados válidos. Una vez recibida la muestra en el laboratorio, comienza la etapa analítica o de diagnóstico microbiológico, en la cual la muestra es procesada mediante diferentes metodologías, obteniéndose un resultado final. Luego, en la etapa post-analítica, se prepara un informe con el resultado final que es enviado al médico o al servicio de donde provino dicha muestra.